Modelo Estándar de Control Interno para Instituciones Públicas del Paraguay (MECIP)
La Universidad Nacional del Este se ubica actualmente en el nivel 3.15, considerado como satisfactorio en una escala de 1 al 4.
El MECIP constituye un soporte administrativo esencial para organismos estatales, orientándolos a garantizar el logro de los objetivos de cada institución pública y del Estado en su conjunto, fundamentado en el cumplimiento de los principios que rigen la buena Administración Pública. Este modelo prepara a los entes del Estado para responder a los controles de orden externo que le son inherentes, como el de la Contraloría General de la República y el Control Ciudadano.